NIBIO Bergen har kontorer i 8. etasje i Høyteknologisenteret på Marineholmen, i utkanten av Bergen sentrum. Plassert ved Florida bybanestopp er Marineholmen lett å komme til både fra Bergen sentrum og fra Flesland. Ved NIBIO Bergen er det totalt cirka 20 medarbeidarar fra alle fem fagdivisjonane i NIBIO. Det er to hovedarbeidsområder for medarbeidarane ved kontoret i Bergen: landbruksøkonomi og biomangfold i skog.